小説・落第忍者乱太郎ドクタケ忍者隊最強の軍師

忍術学園の教師・土井半助が、黄昏時村の忍者・諸泉尊奈門から決闘を申し込まれ、それに応じて出かけたまま行方不明になってしまう。事態を知った山田伝蔵と六年生の田松は、何が起きたのかを確かめるべく、消えた先生の行方を追い始める。

一方、忍術学園にとって長年の宿敵である毒竹城では、これまでにない不穏な動きがあるとの報せが届く。城の内部で何が進められているのか、そしてそれが土井先生の失踪と関係しているのか。

手がかりを求めながら、主人公たちは土井先生を救い出すために動き出す。刻一刻と状況が緊迫する中、彼らは毒竹城の陰謀に迫っていく。