小説版 めだかボックス

久々原は、黒神めだかのクラスの担任であり、唯一授業に出席している生徒でもあるめだかと時間を共にする。その共有された時間を通じて、久々原はめだかが生徒会長に立候補する決意に影響を与える。一方、凪ノ浦は、特異な性格を持つもう一人の生徒、雲仙冥利の指導を担当している。

第二の物語では、学園のカウンセラーである江振が、マイナス十三組の担任となる。そこで、不完全な理想を抱く六枝が、選挙管理委員会や不知火半袖と衝突し、自らの信念が試されることになる。