青春ブタ野郎はマイスチューデントの夢を見ない

梓川咲太は、通っている予備校で新入生の姫路紗良と出会う。彼女もまた、霧島透子に関係する思春期症候群に悩まされる人物だった。しかし、これまでの事例とは異なり、紗良は自分の症状を解決することにまったく興味を示さない。その態度に、咲太は好奇心と同時に強い違和感を抱く。

紗良を苦しめる症候群の正体と、彼女が助けを拒む理由を探ろうとする中、咲太のもとに謎のメッセージが届く。それは、恋人の桜島麻衣に迫る危険を警告するものだった。新たな脅威を前に、咲太は新入生の謎と、何よりも大切な人を守るという切迫した使命の間で揺れ動く。

超常的な現象と感情が再び複雑に絡み合う中、咲太は二つの問題に同時に立ち向かうことを迫られる。