さらば宇宙戦艦ヤマト

宇宙戦艦ヤマトがガミラス帝国の脅威から人類を救ってから3年が経った。地球は復興を遂げ、ヤマトの乗組員たちは平和な日々を送っていた。しかし、新たな強力な異星勢力・コメット帝国が宇宙に出現し、行く手を阻むすべてを破壊せんとする。

帝国の謎めいた指導者・ズォーダー大帝は、惑星を丸ごと消滅させることのできる兵器と、はるかに優れた科学技術を有していた。この新たな危機に際し、ヤマトの乗組員たちは再び集結し、この止められない敵に立ち向かわなければならない。地球の存亡を懸けた戦いは、彼らを星間航行と絶望的な戦闘へと駆り立てていく。