King of Fighters Zillion

古来より草薙家と八神家は、それぞれ神の炎の力を操り、互いに対立してきた。新たな世代も例外ではなく、草薙京と八神庵がその宿命を背負う。かつてこの二人は、神楽ちづると共に「三種の神器」として、巨大な蛇の姿で顕現する悪魔、八岐大蛇（ヤマタノオロチ）を打ち倒したのだった。

1997年のキング・オブ・ファイターズ大会とオロチとの戦いの後、京と庵は謎の失踪を遂げる。その背後には、NESTS（ネスツ）と呼ばれる秘密組織の影があった。彼らは京のクローンを放ち、人類の存続は再び脅威にさらされる。