水の都の護神 ラティアスとラティオス

伝説のポケモン、ラティアスとラティオスに守られた水の都アルトマーレ。その平穏は、双子の姉妹アニーとオークリーが、街の均衡を保つ宝珠「心のしずく」を盗むためにやってきたことで脅かされる。見物に訪れていたサトシ、カスミ、タケシは、人間の姿に変身できるラティアスに助けを求められ、争いに巻き込まれていく。

犯罪者である姉妹は目的のためには手段を選ばず、伝説のポケモンたちとアルトマーレの住人を危険にさらす。サトシたちはラティアスとラティオスを守り、心のしずくが悪しき者の手に渡るのを防がなければならない。その中で、守り神たちと街との本当の絆を知ることになる。