ポケットモンスター ダイヤモンド＆パール ディアルガVSパルキアVSダークライ

サトシ、タケシ、ヒカリは、次のポケモンコンテストに参加するためアラモスタウンへ向かう。美しい庭園と、著名な建築家ゴーディが手がけた壮麗な時空の塔で知られる町だ。しかし、静かな滞在になるはずだった旅は、突如として現れた破壊の波と、町を包み込む不気味な霧によって悪夢へと変わる。住民たちは外へ出ることもできなくなってしまう。

ゴーディの孫であるトニオは、これらの現象が祖父の日記に記された予言と一致することに気づく。それによれば、伝説のポケモンであるディアルガとダークライの争いによって、空間と時間の秩序が危機に瀕しているという。町の人々が謎のポケモン、ダークライを破壊の元凶だと非難する中、サトシと仲間たちは真実を突き止め、すべてが手遅れになる前に混乱を食い止める方法を見つけ出さなければならない。