お兄ちゃんはおしまい！

緒山真尋は、エロゲー好きでほとんど自室から出ない青年。ある朝目覚めると、妹の美波里が開発した新薬の実験によって、女の子の体になっていた。美波里は天才的な科学者で、罪悪感のかけらもなく、真尋を格好の実験体として観察しようとする。真尋はただ元の体に戻り、引きこもり生活に戻りたいだけなのだが、妹はそれを簡単に許してはくれない。

新しい現実への適応を強いられた真尋は、科学的な興味で自分を見つめる妹と暮らしながら、女の子としての生活を学んでいくことになる。ゲーム三昧の引きこもり日常は一変し、毎日がこれまで以上に奇妙な出来事の連続だ。