日本史探偵コナン

コナンと少年探偵団のもとに、過去へ飛ばされてしまった子どもたちから連絡が入る。「時の漂流者」である彼らは、現代へ戻るための鍵となる「時の石」を求めて、日本の歴史のさまざまな時代を探索していた。

コナンの導きのもと、一行は縄文時代や平安時代、徳川幕府の時代といった重要な時代を旅する。それぞれの時代で歴史にまつわる謎を解き、危険に立ち向かいながら、手遅れになる前にすべての石を集めなければならない。