舞-乙HiME Zwei

ヴィントの事件から一年が経った。アリカはすでに一人前のオトメとなっていたが、卒業に必要な単位はまだ取得しておらず、引き続きミス・マリアの指導を受けている。ナギはエアリーズのどこかに収監されたままで、惑星エアルの国々は平和な時期を享受し、オトメ制限戦略会議（S.O.L.T.）の準備を進めていた。

しかし、その平穏は宇宙からの謎の脅威によって破られる。隕石がエアルへ向かって接近してきたのだ。その破壊任務をきっかけに、ガルデローベや複数のオトメを襲う影の人物が現れ、さらに従来より強力なスレイブが出現するという事態が連鎖的に発生する。

追い打ちをかけるように、アリカとの口論の末にマシロ女王が姿を消してしまう。若きオトメは友を探しに出る一方、ガルデローベはこの新たな危機の真相を解明しようと動き出す。