機動戦士VS伝説巨神 逆襲のギガンティス

宇宙世紀0090年、地球連邦はアムロ・レイを派遣し、ジュドー・アーシタを仲間に引き入れ、ジオン残党軍に対処しようとしていた。一見すると通常の任務に思われたが、事態は急変する。残党軍が「伝説巨神」と呼ぶ謎の存在を掘り起こしていたことが判明したのだ。

調査を進める中で、ジュドーは残党軍がミネバ・ラオ・ザビのニュータイプ能力を利用し、伝説巨神を覚醒させて連邦への復讐を遂げようと企てていることを知る。アムロ、ジュドー、そしてシャアは、宇宙世紀のモビルスーツと、出自不明の圧倒的な力を持つ存在が激突する争いに巻き込まれていく。