魔法少女リリカルなのは

高町なのはは、ごく普通の日常を送る9歳の少女。ある日、彼女は傷ついたフェレットがテレパシーで助けを求める声を聞く。救助すると、その動物は実は平行世界から来た若き魔導師であり考古学者のユーノ・スクライアだった。

ユーノは「ジュエルシード」と呼ばれる21個の古代危険物を回収するために地球へやって来た。それらは接触した者に超常の力を与え、怪物へと変えてしまう。任務中に負傷したユーノはフェレットの姿のままでいるしかなく、なのはに変身して魔法を使い怪物と戦うことを可能にする赤い宝石を託す。しかし、ジュエルシードを探しているのは彼らだけではなく、やがてそれぞれの思惑を持つライバルたちが現れる。