魔法少女リリカルなのは

高町なのはは、家族や友人と穏やかな日々を送る小学三年生。ある日、傷ついたフェレットのテレパシーによる叫びを聞き、助け出す。そのフェレットは異世界から来た魔法使いであり考古学者のユーノ・スクライアで、危険なジュエルシードを誤って地球に拡散させてしまっていた。回収する力が残っていないユーノは、なのはに魔法の杖レイジングハートを託し、彼女は変身して魔法を使い、宝石を封印し、それが生み出す怪物と戦うことになる。

しかし、ジュエルシードを探しているのはなのはとユーノだけではなかった。やがてフェイト・テスタロッサという強力な魔導師が現れる。彼女もまたジュエルシードを集めているが、その目的を明かそうとしない。その強さにもかかわらず、なのははフェイトの瞳の奥に深い悲しみを感じ取る。こうして、相反する目的を持つ二人の少女の対決が始まり、ジュエルシードをめぐる戦いは、感情と意志のぶつかり合いへと変わっていく。