魔法少女リリカルなのはＡ’ｓ

ジュエルシード事件を解決した高町なのはは、魔法の練習を続けながら親友フェイト・テスタロッサとの交流を保ちつつ、日常の生活を取り戻していた。しかしその平穏は、突如としてなのはを襲撃した謎の少女ヴィータによって破られる。自らをベルカの騎士と名乗る彼女は、強力なカートリッジ式魔法デバイスを操っていた。

ヴィータとその仲間である騎士シャマル、シグナム、ザフィーラは、危険な遺物「闇の書」を完成させるために魔力を奪おうとしていた。なのはとフェイトは時空管理局の協力を得て再び力を合わせ、騎士たちに立ち向かい、彼らの真の目的を探ることになる。