魔法少女リリカルなのはStrikerS

前回の大戦から十年の歳月が流れた。高町なのは、フェイト・テスタロッサ、八神はやては、今やミッドチルダの時空管理局で活躍する熟練の魔導師となっていた。なのはは戦技教導官、フェイトは執務官、はやては部隊指揮官として、それぞれ組織の中で重要な役割を担っている。

一連の事件を機に、はやては公共安全とロストロギアと呼ばれる危険な魔法資産の取り扱いを担う精鋭部隊「機動六課」を設立する。そこに新人のスバル・ナカジマ、ティアナ・ランスター、キャロ・ル・ルシエ、エリオ・モンディアルが加わり、厳しい訓練と自らの課題に向き合いながら成長していく。しかし、ロストロギアの力を悪用しようとする敵や、管理局内部からの批判に直面し、部隊の任務は複雑さを増していく。