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2020年。人気オンラインゲーム『The World』のサービス終了から3年後、高校生の九竜トキオは、待望の続編『The World R:X』の発売を心待ちにしていた。しかし、予約を忘れてしまったことでゲームを手に入れられず、友人たちがすでにプレイを始める中、ひとり取り残されてしまう。

そんな彼の運命は、謎の転校生・天城彩花によって一変する。彼女に半ば強引に仮想世界へと引きずり込まれたトキオは、そのまま彼女の下僕にされてしまう。ゲームの枠を超えた冒険に巻き込まれたトキオは、『The World R:X』の内部と現実世界の両方で次々と立ちはだかる困難に立ち向かいながら、二つの世界が秘めた秘密に迫っていく。