ガンダム EXA VS

『ガンダム EXA』から時を経て、ステシア・アワーはレオス・アロイに、木星Xの彼方にあるコンピューターから新たなGAデータの集積を発見したと告げる。二人はデータにダイブし、ユニバーサル・センチュリーのサイド7コロニー襲撃の最中に降り立つ。コロニー内部に足を踏み入れると、そこは瓦礫と化しており、RX-78-02ガンダムはアムロ・レイが起動する前に破壊されていた。

コロニーでかすかな生命反応を見つけた二人は、サターンIIのGダイバー、テミス・カイロンと出会う。テミスは、火星Iの制圧に巻き込まれる前に逃げるよう警告する。レオスとステシアは、人類の分岐した歴史を記録した膨大なデータの集積体「ジェネラル・アンサー」で探索を続けなければならない。その行く手には、目的の見えない新たな敵が立ちはだかる。