ご愁傷さま二ノ宮くん

二ノ宮峻護は、広大な屋敷に一人で暮らす高校生。ある日、姉の涼子から二人の兄妹、月村真由と美樹彦を預かってほしいと頼まれる。その目的は、男性恐怖症を抱える真由を克服させること。しかし涼子のやり方は非常に強引で、峻護と真由に同室・同衾、さらには一緒に入浴することまで強制するのだった。

さらに同居生活は、生徒会長の北条麗華がなぜか使用人として働き始めたことで、より一層混沌としたものになっていく。気まずい状況や誤解、そして常に介入してくる涼子の存在に振り回されながらも、峻護は真由の男性恐怖症を克服させるべく奔走する。