劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲

サトシと仲間たちは、フードをかぶった謎のポケモンから不可解な挑戦状を受け取る。その正体は、ロケット団によって生み出された遺伝子ポケモン、ミュウツー。計り知れない力を持つこの存在が待ち受ける孤島へ、一行は足を踏み入れていく。

自らが人工的に作られた存在であることに苦悩するミュウツーは、天然のポケモンに対する自らの優位を証明しようとしていた。サトシはこの圧倒的な力を持つポケモンと向き合い、その計画を止める術を探しながら、ミュウツー誕生の真相に迫っていく。