ギャラクシーエンジェル3rd

エオニア打倒後、銀河には平和な時代が訪れていた。未知の銀河「NEUE」へと通じるポータルが発見されたことで、新たな同盟の可能性が開かれる。しかし、そのポータルを制御できるのはミルフィーユただ一人であり、彼女は後任が見つかるまで向こう側に閉じ込められてしまう。

かつてのエンジェル隊は解散しており、提督タクト・マイヤーズは婚約者を救出するため、新人ばかりのルーンエンジェル隊を結成する。新米たちは自らの実力を証明し、未踏の銀河に潜む危険へと立ち向かわなければならない。