フルメタル・パニック! Σ

トゥアハー・デ・ダナン誘拐事件の後、東京都立神代高校では、かなめを守り続ける宗介の日常もあって、ある程度の平穏が戻っていた。しかし、その平穏は脆い。ミスリルは未だ、あの襲撃を引き起こした裏切り者を捜していた。

調査によって容疑者が特定されると、クルツとマオは裏切り者を捕らえるという極秘任務を受ける。一方、宗介とかなめは、アマルガムの上級幹部であるレナード・テスタロッサと出会う。レナードはかなめに対し、彼女を勧誘するためには手段を選ばず、たとえ東京の街で戦争を引き起こすことになっても構わないと警告する。

これを境に、ミスリルとアマルガムの対立は激化する。宗介は、手段を選ばない敵からかなめを守らなければならない。両陣営がその手法を先鋭化させる中、戦いの影は学校での日常にまで迫ろうとしていた。