フルメタル パニック！The Second Raid

トゥアハー・デ・ダナンでの出来事から2か月が経った。ミスリルの軍曹である相良宗介と、「ウィスパード」と呼ばれる特殊能力を持つ女子高生の千鳥かなめは、日常の学校生活を取り戻そうとしていた。宗介はかなめを護りながらも市民生活に適応しようと努力を続けるが、その型破りな方法にかなめは苛立ちを募らせていく。

やがて新たな脅威が姿を現す。他のウィスパードから得た「ブラックテクノロジー」を有する独立テロ組織、アマルガムだ。アマルガムはミスリルの電子迷彩システムを無力化する装置を保有しており、力の均衡が揺らぎ始める。さらにミスリル内部の対立や新型アーム・スレイブの登場が事態をいっそう複雑にしていく。かなめの護衛任務が中止されたとき、宗介は世界が混沌の瀬戸際に立つ中で難しい決断を迫られる。