フルメタル・パニック！

ミスリルという準軍事組織に所属する若き軍曹、相良宗介は、戦場で育った戦術の天才だが、社会生活にはまったく不向きだった。彼に与えられた新たな任務は、ごく普通の女子高生、千鳥かなめを守ること。彼女は自分でも気づかないうちに高度な軍事技術の知識を頭の中に持っており、謎のテロ組織に狙われていた。

任務を遂行するため、宗介はかなめの学校に潜入することになるが、そこで彼の軍人気質と日常生活での不器用さは、平和な学生たちの世界と絶えず衝突してしまう。身分を隠し、期限通りに課題を提出しようと努力しながらも、彼はスパイからハイテク兵器まで、次々と迫る彼女への誘拐の試みを阻止するために、常に警戒を怠れない。