デジモンクロニクル

超電脳ユグドラシルが統治するデジタルワールドでは、デジモンの個体数増加がデジタルハザードを引き起こしていた。事態を解決するため、ユグドラシルはウルド、ベルサンディ、スクルドの三層からなる新たなデジタルワールドを創り、箱舟計画と、不要と判断したデジモンを削除するために設計されたプログラムXを発動する。

しかし、一部のデジモンはプログラムXへの適応を果たし、自らを強化し姿を変え、プログラムXへの耐性を得るX抗体を獲得する。これに対し、ユグドラシルは秩序を維持する十三体の強力なデジモン、ロイヤルナイツを派遣する。

争いのさなか、三人の人間——コウタ、ユウジ、シンジ——がデジタルワールドに迷い込み、パートナーデジモンであるドルモンとリュウダモンに出会う。コウタとユウジはユグドラシルとロイヤルナイツに反旗を翻すが、シンジは超電脳に味方するかに見える。