ブギーポップは笑わない VSイマジネーター

谷口正樹は日本に戻ってきたばかりで、学校の女子たちの間で驚くほど人気者になり、男子たちの憎しみを買っていた。ある日、彼は不良グループに襲われるが、織機綾という少女が身代わりになることを申し出て彼を救う。事態が危険になりかけたちょうどその時、謎の男が割って入り、二人を救い出す。

その出会いをきっかけに、正樹と綾は次第に親しくなっていくが、やがて自分たちが「スプーキーE」と呼ばれる合成人間の超常的存在に追われていることを知る。一方、致死性の「イマジネーター」は一人ずつ心を変えながら世界を変えようと企み、謎のトワ機関も動き出す。そして、この狩りの標的となったのが、謎めいた監視者ブギーポップだった。