神速の改造戦士 009

少年院に収容されていたジョー・シマムラは、他の少年たちと共に脱走を試みる。しかし、黒ずくめの謎の集団「ブラックゴースト」に捕らえられてしまう。目を覚ましたジョーは手術台に縛り付けられており、目の前にはスカルと名乗る仮面の男が立っていた。そして彼は、ジョーにサイボーグになることを告げる。

それぞれが特殊な能力を持つ9人のサイボーグ戦士たちは、ブラックゴーストが象徴する悪に立ち向かう。009となったジョーは、仲間と共に組織の計画を阻止するため戦い、自らが改造された真実を追い求めていく。