真・女神転生if... 学園の悪魔使い

ごく普通の高校生、ノブは学校のパソコンでフロッピーディスクをいじっていたところ、画面から悪魔が現れ、目の前で二人の友人が殺されるのを目撃する。恐怖に駆られて教室を飛び出し、教師を探すノブだったが、途中でクラスメイトの白川由美と出会う。二人が状況を理解しようとする中、科学の教師が催眠術で生徒たちを悪魔に変えており、「神皇」と名乗る存在のために働いていることを知る。

悪魔の世界「魔界」へと転送されたカルコザカ高校に閉じ込められたノブと由美は、自衛を余儀なくされる。フロッピーディスクを調べたノブは、そこに悪魔召喚プログラムが入っていることを発見する。他に身を守る手段がない二人は、その悪魔たちを利用して戦い、元の世界へ戻る方法を探すことを決意する。