神様はじめました

桃園奈々生は、父親が借金を残して失踪したため、家を失った女子高生。ある日、犬に襲われていた男を助けると、彼は感謝の印として自分の家を譲ると言う。辿り着いた先は荒れ果てた神社で、その男こそが土地神ミカゲであり、奈々生を後継者に指名していたのだった。

奈々生は、超自然的な世界について何も知らないまま、神としての新たな責務を果たさなければならなくなる。そのためには、誇り高く人間に仕えることを拒む神使の狐、巴衛の助けが必要だった。彼と契約を結んだ二人は、共に歩み始めるが、奈々生は自分を喰らおうとする妖怪や、彼女との結婚を望む蛇、そして新しい神使への自分の感情など、様々な危険に立ち向かっていく。