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トリスタンの街では、人間と機械生命体「コバ」が脆い平和のもとに共存している。三年前、世界を荒廃させた戦争は、「ジェネシスウェポン」と呼ばれる究極兵器によって終結した。かつてその兵器の一つだったオデは、兵器に改造される前の記憶を取り戻すため、巨大企業M3の秘密を探っていた。

調査を進める中で、オデはM3が新たなジェネシスウェポンを生み出すために子供たちを実験体として利用していることを突き止める。それを止める決意を固めたオデは、共に逃げ出した仲間たちとの再会を果たすため、そして企業の真の計画を暴くために旅立つ。