No.9

ヤクザの町として知られる楽樫町。少女・恵は帰省した際、家族を追い出そうとする無軌道な者たちによって愛犬を殺されていたことを知る。その残忍な行為は、常に異形の生物を連れている謎めいた男・九十九弘昌、通称「Nine」の関心を引く。その異形の存在は、恵にしか見えていないようだった。

Nineには野心的な目的があった。それは自らのヤクザ組織を立ち上げること。しかし、その目的は一般的な犯罪ではなく、町の無垢な人々を目に見えない脅威から守ることだった。この世界には「イリ」と呼ばれる、人間と対立し混乱を引き起こす超常的な存在がおり、ほとんどの人には知覚できない。

組織を築こうとするNineに巻き込まれ、恵は自らの現実の下に潜む危険な真実へと引きずり込まれていく。