クラスメイト（♀）と迷宮の不適切な攻略法

西高等学校は二年後に閉校を控え、生徒数はわずか七人にまで減っていた。その中の一人である羽桜元也は、面倒のない無償教育を受けられるこの環境を気に入り、残ることを選んでいた。しかし、その平穏は三人の転入生、嘉山、水村、東條の到来によって破られる。彼女たちが国の大統領直属の特殊軍事部門に所属するエリートであることは、誰も知らない。

やがて、学校の敷地内に突如として巨大な塔が出現する。それは選ばれたごく一部の者にしか見えない謎の構造物だった。元也は、この国が近年開発してきた軍事技術のすべてが、この塔の内部で得られた情報に基づいていることを知る。

運命に選ばれた元也は、三人の少女たちと共に塔へ踏み入り、その内部に隠された謎へと立ち向かうことになる。