フルメタル・パニック！

相良宗介は、秘密組織ミスリルに所属する17歳の若き軍人である。彼に与えられた任務は、高校生の千鳥かなめを守ること。かなめは「ウィスパード」と呼ばれる、高度な科学的知識を無意識のうちに有する者の一人だった。任務のため、宗介はクラスメイトとして彼女の学校に潜入する。しかし、戦場で培われた彼の行動様式は、普通の高校生としての日常生活と激しく衝突し、数々の騒動や誤解を巻き起こしていく。

学校生活に適応しながらかなめを見守る中で、宗介は敵対組織や、自らの過去に関わる危険なテロリストと対峙することになる。上官であるメリッサ・マオやクルツ・ウェーバーの助けを借りつつ、若き兵士は任務を遂行し、彼女を守り抜くために、自分がどこまで踏み込む覚悟があるのかを問われることになる。