フルメタル・パニック！ボーイ・ミーツ・ガール

相良宗介は、民間軍事組織に所属する若き真面目な軍人である。彼に与えられた任務は、日本に住むごく普通の女子高生、千鳥かなめを守ることだった。戦場での生活に慣れきった宗介は、転校生としてかなめの学校生活に潜入することになるが、あまりにも一般社会に適応できていないため、次々と騒動を巻き起こしてしまう。

しかし、この任務は見た目以上に危険なものだった。かなめは敵対勢力が狙う、貴重で特別な知識を秘めていたのだ。宗介は自身の乗機であるアーム・スレイブ、アーバレストを駆使し、その訓練のすべてを注いで彼女を守らなければならない。同時に、平和な学校という環境の中で、自分の正体と彼女を取り巻く脅威を隠し通そうと奔走する。