フルメタル・パニック? ふもっふ

千鳥かなめはごく普通の高校生活を送りたいと願う女子高生。しかし、秘密軍事組織に所属する軍曹である同級生・相良宗介は、社会性の欠如とあらゆるトラブルを銃火器で解決しようとする性分のせいで、問題ばかり引き起こす。善意からとはいえ、宗介は陣代高校を戦場に変えてしまい、かなめは絶望する日々を送る。

事態が特に深刻になると、宗介は遊園地のマスコットキャラクター「ボン太くん」の着ぐるみを身にまとい、それを「もふ」としか喋れない武装パワードスーツへと改造してしまう。一方、テッサことテレサ・テスタロッサ艦長は休暇を取ることを決意し、一生徒として学校に編入。ただでさえ複雑な二人の学校生活に、さらなる混乱が巻き起こる。