ビバリウムで朝食を

尾花義貴、田上幹、串田菊理は小学六年生の三人組。夏休みの間、彼らは町に伝わる「七不思議」を調べることにした。その計画は単なる冒険以上に、毎朝「秘密基地」に集まり、手がかりや推理を持ち寄る日課となっていく。

しかし、子どもの遊びとして始まったはずの探偵ごっこは、思いがけない方向へ進む。ある日の集まりの帰り道、義貴は幽霊のような存在に遭遇する。それは理屈では説明のつかない出来事で、彼らの調査の無邪気な性質を揺るがすものだった。この出来事をきっかけに、三人は想像していたよりも深く危険な謎へと足を踏み入れていく。