Luokeren X5

レプリフォースの戦いから数か月が経ち、地球は平和な時期を迎えていた。紛争で損傷したスペースコロニーの修復はほぼ完了していたが、ラグランジュポイントに位置する巨大コロニー「ユーラシア」だけは例外だった。非常に古いコロニーであるため、大規模な改修が計画されていた。

しかし、何者かがユーラシアを占拠して制御を奪い、コロニー内にウイルスを放ち、人工重力システムを使って地球への衝突コースに乗せてしまう。わずか16時間後、ユーラシアは衝突し、甚大な破壊を引き起こし、地球上のすべての生命を絶滅させる可能性があった。イレギュラーハンターたちは、衝突前にコロニーを破壊するために粒子砲「エニグマ」の使用を計画するが、この兵器は旧式で改良が必要だった。

新司令官シグナスは、エニグマをアップグレードするために必要な4つのパーツを、エックスとその仲間ゼロに時間との戦いの中で集めるよう命じる。さらに状況を悪化させることに、シグマはシグマウイルスを世界中に拡散させており、パーツはイレギュラーたちによって守られていた。