木陰くんは魔女。

夢見がちな高校生のユメコは、家族とともに、古くてほとんど人が住んでいない集合住宅の一室で暮らしている。建物の管理人は、屋上に引きこもって住む木陰くん。彼は、周囲の誰もが驚くことに、実は魔女だった。

ユメコは迷わず木陰くんに、自分の身勝手な願いを魔法で叶えてほしいと頼む。たとえば、憧れの先輩が自分に気づき始め、デートに誘ってくれたときのように。しかし、叶えられた願いにはそれぞれ代償が伴い、夢見がちなユメコと謎めいた魔女・木陰くんの関係は、彼女が想像していた以上に複雑なものになっていく。