不完全神性機関イリス

世界の四分の三がスペクトルと呼ばれる怪物に侵食され、地上は混乱に陥っていた。そんな世界で暮らす青年ナギは、ある日、ガラクタの山を探索している最中に、機械仕掛けの少女の姿をした謎のアンドロイドを発見する。迷うことなく彼女を家へ連れ帰り、修理を施した。

アンドロイドが目を覚まして最初に発した言葉は「おはよう、ナギ」。イリスと名乗る銀髪の機械仕掛けの少女は、なぜかナギのことを知っている様子だった。しかし彼女は、世界の運命を変えかねない秘密を秘めていた。

ナギとイリスは共にスペクトルへ立ち向かい、二人の出会いの裏に隠された真実を解き明かしていく。