Dジェネシス ダンジョンが出来て３年

エリア51での実験が原因でダンジョンが出現してから3年。人類は富や力、魔法を求めてモンスターの潜む迷宮を探索することに適応していた。冒険心を持たない会社員、吉村敬吾の夢はただ仕事を辞めて平穏に暮らすことだけだった。

ある仕事の訪問中、敬吾は新たなダンジョンの発生に遭遇し、意図せずして地下探索をロールプレイングゲームに変える魔法のスキルを手に入れてしまう。優秀な数学者であり、ダンジョン探索の新たなパートナーとなる三好梓の助けを借りて、敬吾は自分が見ることのできるステータス画面を巨額の富に変えようと試みる。しかし、すぐに軍や政府機関、さらに邪悪な勢力の監視下に置かれ、のんびり暮らすという彼の夢は危険にさらされる。