ゾイド ジェネシス

自然災害によって荒廃した惑星Ziでは、千年の時を経て人類の文明が再興し、海底探査や採掘によって古代のゾイドを発掘する日々が続いていた。巨大な剣を神聖な象徴として崇める村で、一人の少年が深海でのサルベージ作業中にライガー型のゾイドを発見する。

平和は突如として破られる。村が謎の骸骨型バイオゾイドの一団に襲撃されたのだ。彼らの目的は、村に保管されていた強力なジェネレーターの奪取だった。少年はライガーを起動させ、村の聖なる剣が実はこの古代機械の武器であることを知る。

少年とライガーは、故郷を守るため、未知の脅威に立ち向かうことになる。