科学忍者隊ガッチャマンII

ギャラクターの敗北から2年が経ったが、平和は長くは続かなかった。総裁Xがクルーズ船を襲撃して復活し、4歳の少女を誘拐して組織の新たな将軍ゲルサドラに変えてしまう。ギャラクターは再編成され、科学者や軍事専門家の拉致を開始したため、ISOは科学忍者隊の再始動を余儀なくされる。

チームは再集結しなければならないが、行方不明となったジョーの後任として潜入していたギャラクターの工作員は、謎の死を遂げる。やがてジョーは生きて再び姿を現す。元ギャラクターの科学者によって埋め込まれたサイボーグ技術のおかげで生き延びていたのだ。一方、クルーズ船襲撃で家族を失ったパンドラ博士は、自分の娘サミーが実はゲルサドラであることを知らない。