科学忍者隊ガッチャマンF

総裁Xの破壊後も、その断片は生き延び、新たな存在Zへと変異を遂げた。Zはエゴボスラー伯爵、その配下であるメカンドルやケンプラーと手を組み、人類の抹殺と地球の破壊を企てる。これに対抗するため、科学忍者隊は新たにISOの長官となった南部博士の指揮のもと、海底基地ガラタウンへと拠点を移していた。\n\nチームには新たなメカ、ガッチャスパルタンが与えられる。この機体はハイパーシュートという強力な攻撃モードを備えているが、それを発動できるのは健が持つガッチャフェンサーを使う彼ただ一人だった。しかし、この能力を繰り返し使うことで、健は命を脅かす致死量の放射線を浴びることになる。\n\n一方、Zは最終作戦を進めていた。反物質小惑星「ポイズンアップル」を地球に衝突させ、惑星そのものを消し去ろうとしているのだ。