学園潜水艦隊マーメイドガールズ

地球は、南極に拠点を構えた異星生命体「トレンチウォーカー」の到来により、一変した。海面は70メートル上昇し、東京などの都市は水没。侵略者たちは水を「ネクター」と呼ばれる神聖な物質へと変え始めた。それは適応できない者にとっては死に至る毒となる。

ネクターに耐性を持つ少女たちが集められ、潜水艦に乗り込み、地球を取り戻すための戦いに身を投じる。轟ヒロは、姉からの最後のメッセージを受け取った後、最強の海兵士・津尾切理を探し求める。迷いを胸に抱えながらも、彼は真坂道女子学園潜水艦隊への入隊を決意する。そこでは特殊な水着を身にまとった、命がけの戦いが待ち受けていた。