結城友奈は勇者である

結城友奈は中学二年生の普通の少女。学校に通い、部活動に励み、友人と笑い合う毎日を送っている。しかし、彼女には特別な役割があった。「勇者部」に所属し、誰かのために尽力し、人々を笑顔にする活動を行っているのだ。

ある日、謎の破壊的存在「バーテックス」が世界を脅かし始める。勇者部はスマートフォンの不思議なアプリを通じて召集され、世界を守る使命を帯びる。親友の東郷美森、犬吠埼姉妹の風と樹とともに、友奈は魔法少女へと変身し、バーテックスに立ち向かう。

学業や子供たちへのヒーローショーの合間を縫って戦う彼女たちは、やがて自らの力が秘める過酷な真実と向き合うことになる。そして、「勇者である」ことの本当の意味を、身をもって知ることになるのだった。