宇宙戦艦ヤマト2199 星巡る方舟

西暦2199年、イスカンダルへの任務を終えた宇宙戦艦ヤマトは、銀河系への帰路についていた。しかし、大マゼラン雲の果てで、ガトランティス帝国の戦士ゴラン・ダガム率いる敵対艦隊と遭遇する。ダガムはヤマトの降伏を要求するが、古代進をはじめとする乗組員はこれを断固として拒否する。

逃走のさなか、次元兵器による壊滅的な攻撃を受け、ヤマトは物理法則が通用しない異常空間に閉じ込められてしまう。乗組員はこの次元内に存在する謎の惑星を探索し、そこで不穏な発見をする。そこにあるはずのない船が存在していたのだ。一方、追跡してきたガトランティス軍もこの奇妙な場所に到達し、人類とガミラス人は生存をかけた微妙な状況に立たされることになる。