宇宙戦艦ヤマト2199

西暦2199年。人類はガミラス帝国との戦争に敗れ、地球は放射能に汚染された荒廃の地と化していた。生き残った人々は地下都市に身を寄せるが、科学者たちは残された時間がわずか1年であると推測する。若き士官・古代進と相棒の島大介は、火星に不時着した宇宙船のカプセルを発見する。その中には人類最後の希望が秘められていた。マゼラン銀河の彼方にある惑星イスカンダルが、ガミラスを倒し地球を蘇らせる技術を持っているというのだ。

無限エネルギーを生み出す波動エンジンを搭載した宇宙戦艦ヤマトは、16万8000光年彼方のイスカンダルへの危険な航海を命じられる。古代をはじめとする若き才能と、沖田十三艦長ら歴戦の乗組員たちは、刻一刻と迫るタイムリミットの中、数々の困難を乗り越え、ガミラスの圧倒的な戦力に立ち向かいながら使命を果たさねばならない。