真・女神転生　東京黙示録

すべては、東京行きの民間航空機内で悪魔的プログラムが起動したことから始まる。目に見えぬ悪魔の群れが解き放たれ、惨劇が引き起こされた。ただ一人生き残ったのは、その地獄のソフトウェアの製作者であり、今や悪の勢力に与する小早川秋人だった。

秋人は学校に復帰し、かつての仲間である相馬小次郎は驚きをもって彼を迎える。以前は孤独だった少年は、傲慢で不気味な若者へと変貌していた。やがてクラスメイトたちが襲われ始め、伝説の悪魔が東京の街に現れる。そして、人間の魂の本質であるマグネタイトをめぐる、秋人の人類に対する真の企みが明らかになる。

小次郎と友人の八神咲は、自らが強力な霊の生まれ変わりであることを知る。秋人の邪悪な計画が制御不能になろうとするとき、二人はかつての友と、世界を混沌に陥れようとする悪魔の勢力に立ち向かわなければならない。