PROJECT A-KO 2 大徳寺財閥の陰謀

ナポリポリタ艦長の宇宙船がグラビトンシティに突き刺さる事件から3週間後、A子とその仲間たちは夏休みを迎えていた。A子は少し体重を落とそうかと考え、B子は赤毛のライバルを倒してC子の愛情を勝ち取るための新たな作戦を練る。一方、ナポリポリタとスパイDは強い郷愁にかられ、故郷の星へ帰る方法を模索していた。

しかし、平穏は長くは続かない。B子の父であり大徳寺財閥の総帥である大徳寺光は、地元の軍隊に新型メカを与えて武装させる。その目的は、ナポリポリタの宇宙船を攻撃し、その高度なテクノロジーを奪取することだった。新たな戦いの火蓋が切られ、ヒロインたちは再び試練に立ち向かうことになる。