Moyashimon Returns: Kin Gekijou Shutchou-ban

微生物を見ることができ、会話もできる大学生・沢木惣右衛門直保は、農学部の仲間たちとともにキャンパスライフを送っている。今回は、彼の特異な能力が日常のさまざまな場面で試されることになる。

勉強と私生活の両立に奮闘する中、主人公たちは微生物の世界にまつわる愉快な誤解や予期せぬトラブルに次々と遭遇する。友人たちの助けと自分の不思議な力を使って、沢木はキャンパスで起こる問題に創造的な解決策を見つけていく。