女神寮の寮母くん。

南雲孝士は12歳の少年。火事の後、父親に捨てられ、家も家族も失ってしまう。行く当てもなく空腹で倒れていたところを、風変わりな科学者・和知ミネルに拾われ、女子寮「女神寮」へ連れて行かれる。

そこはミネルが臨時で管理を任されている寮だった。彼女は孝士にある取引を持ちかける。住む場所と食事と引き換えに、新しい「寮母」として働かないかというのだ。孝士はそれを引き受けるが、待っていたのは大学でも一番手に負えない、風変わりな女子学生たちだった。優しいが男性恐怖症の早乙女あてなや、ボーイッシュな戦咲きりやなど、個性豊かな住人ばかり。

ミネルと彼女の突飛な実験に助けられながら、孝士は寮に秩序をもたらし、彼女たちの世話をしつつ、騒がしい新生活の中で正気を保とうと奮闘する。